Йоаникий бил роден в малоазийската област Витиния в около 840 г. От малък бил възпитан в християнската вяра. Изкарвал прехраната си като овчар, а по време на войните на византийския император Константин V Копроним той бил взет във войската.Като войник бил почитан от своите другари заради кротостта и смирението си, което било рядкост сред военните. От друга страна войската трябвало да поддържа иконоборческите убеждения на императора и така незапознатият с тази ерес Йоаникий станал неволен съмишленик на иконоборците, които преследвали почитателите на иконите….
